同样建NJ树，为什么MEGA算得那么快，phylip算nj之前要算dist，mega也算吗？——没用过phlip，不知道具体情况，但是构建NJ树的基础都是先计算出两两距离，然后再根据距离大小画出树图，至于为啥MEGA要快，可能是程序编辑的不一样吧，就像我用PAUP计算MP和NJ树时，特别是序列很多的时候，比MEGA快得不是一倍两倍。
我也遇到了一样的问题，求助你是怎么处理的
