1991年9月，对外贸易经济合作部筹建学校。
1992年9月，北京师范大学亚太实验学校前身——对外贸易经济合作部职工子弟学校（小学部）开学。
1995年9月，初中部、高中部成立。
2001年3月，更名为北京师范大学亚太实验学校，学校举办者为北京师范大学。
2002年3月，经北京市教育委员会批准成为北京市办学体制改革试点学校。
2003年8月，获得招收外籍学生资格；同年，开始招收走读生。
2012年9月，初中部开设国际课程选修班。
2013年9月，小学部开设国际课程选修班。
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