可以税前扣除
《财政部 国家税务总局关于承租集体土地城镇土地使用税有关政策的通知》（财税〔2017〕29号）规定，在城镇土地使用税征税范围内，承租集体所有建设用地的，由直接从集体经济组织承租土地的单位和个人，缴纳城镇土地使用税。
根据上述规定，您公司租赁村委会的集体所有的土地用于建厂房（即建设用地），如在城镇土地使用税征税范围内，应由您公司缴纳城镇土地使用税，属于您公司在经营活动中发生的与取得收入有关的合理的支出，可以在企业所得税前扣除。
公司租赁村委会的集体所有的土地用于建厂房，是以公司的名称缴纳的土地使用税可以税前扣除。
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