异质选配是一种以表型不同为基础的选配。可分为两种情况,一种是选择具有不同优秀性状的公母牛相配,以期将两个性状结合在一起,从而获得兼有双亲不同优点的后代。如选一头产奶量高的牛与乳脂率高的牛交配,可产生出产奶量与乳脂率都较高的后代。另一种是选用同一性状但优劣程度不同的公母牛相配,即所谓的以好改坏,以优改劣,以期后代能在这一性状上取得较大的改进和提高。如肢蹄差的母牛可用肢蹄分高的公牛交配,其后代的肢蹄性状可得到改善。这种选配方法是奶牛育种中的一种常规方法。但要注意在选配中,绝不能使具有相同缺点或相反缺点的公母牛相配,以免出现畸形后代。