首先可以肯定的说，VC6中MFC的所有功能都可以用VS2012实现。
其次，两者确实有很大差别，主要体现在界面的完全不同和MFC库的版本不同，造成了很多函数的使用差异（主要是增加和改进，适应新操作系统，也有少数函数被摒弃，有了新的替代函数）
VC++6.0和另外两个区别挺大，VC++2005和2008对C++标准的执行更为严格（比如局部变量的作用范围，命名空间的使用等），而且有了很多更安全函数（如scanf_s()等），前两者的界面更为人性化，操作方便；
后续的vs2010,2012,2013,改变不是很多，感觉主要优化和整合，vs2014用到了最新的c++11的标准，可以一试。
VS是一个集成开发环境，C#，c，VC++只是其中一部分
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