番木瓜黑腐病属半知菌亚门，丝孢菌纲，丝孢菌目，暗色菌科，链格孢属真菌。菌丝体内生或表生，无色、橄榄色或褐色。分生孢子梗单生或丛生，直立或弯曲，不分枝或少分枝，榄褐色，壁光滑，孢痕明显，24～100μm×4.5～6μm。分生孢子孔出，2～10个串生，倒棍棒状，倒梨形或椭圆形，褐色至暗褐色，光滑或有疣，20～85μm×10～23μm，具横隔2～10个、纵隔0～6个和斜隔0～6个；喙短，不超过1/3孢子长，长14μm，宽2～5μm。
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