A、育种依据的原理是可遗传变异，使后代获得相应性状，A正确；B、育种过程是一个选择的过程，但选择的方向是取决于人类的需求，可能和自然选择的方向是不同的，B正确；C、培育转基因抗虫棉是通过基因工程育种，原理是基因重组，C正确；D、利用生长素得到无子番茄的过程中发生了不可遗传的变异，D错误．故选：D
