2005年7月,马晓春九段参加了教练组组长的竞聘。经过民主投票,马晓春最终胜出。教练组成员包括刘小光九段、张文东九段、吴肇毅九段、邵炜刚九段和吴玉林六段。
在聘任仪式上,马晓春发表了自己的“施政演说”:“首先,这个岗位对我来说是一个挑战,不能轻易下岗,所以我得努力工作。第二,我绝不会以权谋私。第三,现在中国棋手的成绩不尽如人意,教练组要团结一致,争取尽快把成绩提到一个新高度。”
出任国家围棋队教练组组长之后,马晓春末提出了新的训练计划和规定。马晓春新的训练计划内容是将国家队的棋手按照等级分和近期大赛的需要分成三个组进行训练,训练时间也安排得满满当当,周一上午自修、下午进行农心杯赛制的比赛;周二进行每方三小时包干制的对抗;周三上午分组研究,下午进行农心杯赛制比赛;周四上午进行快棋赛、下午集体研究……为了让棋手适应与日韩选手比赛,所有的训练赛采取日韩赛制。
马晓春出任教练组组长之后,国家围棋队在世界大赛中连创佳绩。2006年,罗洗河在三星杯决赛三番棋中,首次战胜李昌镐获得冠军;古力获得LG杯棋王赛冠军;首届中韩围棋擂台赛中方获胜。2005年、2006年中国女子围棋队获中日韩三国女子围棋擂台赛二连冠。2007年常昊获得三星杯冠军;古力获得春兰杯冠军 。2008年,中国队首次获得农心杯中日韩三国围棋擂台赛冠军。这些成绩的取得,马晓春总教练功不可没。
2009年2月,马晓春在无记名投票中败给浙江老乡俞斌,不再出任国家围棋队教练组组长。