小规模纳税人超过3万的部分应该要按照实际销售额的3%申报、交纳增值税。
应交增值税=含税销售收入÷（1+3%）×3%
小规模纳税人是指年销售额在规定标准以下，并且会计核算不健全，不能按规定报送会计资料，实行简易办法征收增值税的纳税人。所称会计核算不健全是指不能正确核算增值税的销项税额、进项税额和应纳税额。小规模纳税人适用简易计税方法，其应纳税额指按照销售额和增值税征收率计算的增值税额。
小规模纳税人现在按季度申报，季度不含税收入超过9万元的，不需要交税，超过9万元的，要全额纳税，如果是按月申报的，月收入超过三万元的，也要全额纳税。
小规模纳税人如果月营业额超过3万元的起征点，那么需要全额按照3%征收增值税税款，不是只有超过的部分征税，这点注意就可以。
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