S1核酸酶是由米曲霉(Aspergillsuoryzde)中提取的。S1核酸酶是一种特异性单链核苷酸外切酶，能降解单链DNA和单链RNA，产生5′单链核苷酸或寡核苷酸。双链DNA、双链RNA和DNA-RNA杂交分子对S1核酸酶具有较大的抵抗力，只有高浓度的酶才可使其消化。它水解单链DNA的速率要比水解双链DNA快75000倍。酶反应的最适pH为4.0～4.3，PH4.9时酶活性下降50%。通常酶反应在PH4.6进行，以防DNA变性，酶反应需要低浓度Zn2+，但可被EDTA和柠檬酸盐等整合剂所抑制。在10～30mmol/L范围内变化的NaCⅠ浓度对酶活性无影响。该酶在尿素、SDS和甲酰受中稳定。S1核酸酶在基因工程中用途很多：①去除DNA片段的单链突出端，使之成为平端，利用某些情况下片段之间的连接；②去除cDNA合成时形成的发夹结构；③施行S1核酸酶保护试验(S1protection或S1maping)分析，转录产物；④成熟mRNA与基因组DNA杂交后，结合S1核酸酶水解，可确定内含子在基因组DNA中的定位；⑤修整渐进性删除突变的末端。
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