基本农田保护区指标科学划分，依据下列原则和程序划分：
1基本农田保护区划定的原则是：
（1）坚持“一要吃饭，二要建设”的土地利用方针，优先保护集中连片和高产稳产的耕地；
（2）以土地利用总体规划和农业资源调查区划为依据；
（3）与国民经济及社会发展中长期计划和规划相适应，规划年限一般应在10年以上； （4）与城市规划、村镇规划相协调；
（5）以基期年的土地利用现状调查数据和图件为基础资料。
2基本农田保护区划定的程序是：
（1）编制土地利用总体规划和基本农田保护规划；
（2）依据经批准的规划，到实地划区定界，落实保护标志和责任人；
（3）制定有关基本农田保护管理措施；
（4）检查验收，建立档案。其中，规划的制定程序包括：1）准备工作。主要是组织准备、制定计划、资料收集和资料整理。2）规划制定。包括各类规划指标的预测和确定，规划图件的制定等。3）规划的报批。
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