胚胎干细胞是可分化程度最高的细胞，但它的缺点是：
有明显的伦理限制，而且很可能导致人类所不愿看到的克隆人的发生。
胚胎干细胞是种高度分化的细胞，很可能比一般正常细胞更具有癌变的能力。
定向培养的细胞在纯化方面乃是大难题。如当需要把胚胎干细胞分化成神经细胞，还会有5%的细胞为骨骼或其它细胞，这样在给病人移植中会发生很大问题。
价格昂贵，从单个细胞群在体外分化发育成亿万个细胞，需相当时间，这在大多数病人中是不易等待的。而成体干细胞，像来自于骨髓，肝脏，胰腺，胎盘组织等的干细胞，就不存在以上的弱点，尤其是胎盘组织造血干细胞/间充质干细胞，因为胎盘组织取材易，而且是废物，更是收集和保存干细胞建立干细胞库的好来源。
目前，已证实在各种组织内均存在能够分化为各种细胞像肝脏，脂肪，骨骼，肌肉等的多能干细胞，这种细胞在骨髓及胎盘组织中均存在，而在周围血未发现这样的细胞。这表明储存胎盘组织造血干细胞/间充质干细胞不仅可用于造血干细胞的替代，还可用于其它组织损伤或细胞坏死的治疗，像肝硬化，肝坏死，脊髓损伤，脑组织软化，骨折，皮肤溃疡等。
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