1、滇池,是中国西南地区最大的湖泊。滇池流域包括昆明市五华、盘龙两城区和官渡、西山、晋宁、呈贡、嵩明五个郊县区的41个乡镇。
2、洱海是云南省第二大高原湖泊。洱海流域主要包括大理市和洱源县18个乡镇。
3、抚仙湖是中国第二深水湖泊,抚仙湖流域包括玉溪市的澄江、江川、华宁三县七个乡镇。
4、程海是一个内陆封闭型高原深水湖泊。程海地处金沙江干热地带。
5、泸沽湖位于云南省西北部和四川省西南部的两省交界处,是我国第三大深水湖泊。泸沽湖云南部分属丽江地区宁蒗县永宁乡落水行政村,主要居住着摩梭人、彝族和普米族。
6、杞麓湖位于玉溪市通海县,是一个封闭型高原湖泊。