流式可以检测的样本很多：细胞表面的蛋白，通过荧光抗体直接标记细胞内部的蛋白，细胞固定，通透后再用荧光抗体识别细胞内部的DNA含量，细胞固定，通透后加DNA染料细胞内部钙离子浓度，直接加钙离子浓度荧光染料染色细胞内部线粒体膜电位，比如JC-1，罗丹明染料使用微球阵列，可以同时检测溶液中数十种可溶性蛋白的浓度
