正德九年(1514),葡军官阿尔瓦列斯首次航行到广东屯门(今广东宝安县南)企图登陆,未能得逞。次年,窜犯广东沿海,也未得逞。正德十二年(1517),葡萄牙改以派遣使节朝贡的名义,率船八艘直入珠江口,擅自占据屯门岛,建棚筑寨,劫掠居民。正德十六年(1521),广东海道副使汪铉组织军民将葡军全部驱逐出境。不久,葡军又窜犯广东新会县的西草湾,被明军生擒42人,击毙35人。这次胜利,是我国历史上对欧洲殖民势力的第一次打击。葡萄牙侵犯广东受挫后,转而骚扰闽、浙沿海。嘉靖二十七年(1548),朱纨巡抚闽、浙,派卢镗等率明军大破葡萄牙殖民者及其雇佣军于宁波附近的双屿,重创来犯敌军,焚毁大小战舰多艘。葡军失败后,又转而南下,利用广东海禁已开,于嘉靖三十二年(1553),用贿赂买通广东海道副使汪柏允其通商,随又借口船遇风暴,需晒晾货物,获准在澳门停留。数年后,殖民者私自扩展土地并建筑炮台,设立官署,俨然把澳门视为他们的根据地。但明政府始终掌握对澳门的所有主权,建城设官治理,编组保甲,定其户籍,禁止他们蓄养倭奴,掠买人口,偷漏税金,接买私货。天启元年(1621),强制拆毁葡人在青州岛上非法修建的大教堂;天启五年(1625),又强制拆毁葡人违法修建的城墙和炮台。使居澳葡人不得不接受明政府的有效统治。