因为两者涉及付出的资产、发生或承担的负债、发行的权益性证券不同。
企业合并可以分为同一控制下企业合并与非同一控制下企业合并，而同一控制下的企业合并实质上是同一集团下企业财产与资源的重新分配。
非同一控制下企业合并中，购买方应当按照确定的企业合并成本作为长期股权投资的初始投资成本。企业合并成本包括购买方付出的资产、发生或承担的负债、发行的权益性证券的公允价值计量之和。
非同一控制下的企业合并，是指参与合并各方在合并前后不受同一方或相同的多方最终控制的交易合并，即排除判断属于同一控制下的企业合并的情况以外的其他的企业合并。
企业合并的法律特征：
1．企业合并的当事人是公司本身，而非公司股东，作为一种民事法律行为，其当事人是公司本身，而非公司股东。
2．企业合并必须依法定程序进行，企业合并涉及相关公司股东、债权之利益，并可能关联国有资产权属移转，必须依法对合并行为予以规制。对于特殊类型的企业合并，除了依法订立合并协议以外，还要经过有关部门的批准。
3．企业合并是一种协议行为，而非行政行为。
4．企业合并中的公司类型受到限，多数国家的公司法对于公司合并采取种类限制主义，要求只有同类责任形式的企业才可以合并。少数国家或地区采取非限制主义，不论合并公司属何种责任形式都可以合并。
参考资料来源：百度百科-非同一控制下企业合并
参考资料来源：百度百科-企业合并
第一、含义不同，企业合并是指两个或者两个以上单独的企业合并形成一个报告交易主体的交易或者事项。企业合并分为同一控制下的企业合并和非同一控制下的企业合并。正确区分和界定同一控制下的企业合并和非同一控制下的企业合并，对于进一步规范企业合并的会计处理，限制企业通过合并或置换等手段制造利润有着现实的意义。
因为同一控制下企业合并的主要特点：其一，从最终实施控制方的角度来看，其所能够实施控制的净资产，没有发生变化，原则上应保持其账面价值不变；其二，由于该类合并发生于关联方之间，交易作价往往不公允，很难以双方议定的价格作为核算基础，因为如果以双方议定的价格作为核算基础的话，可能会出现增值的情况。
第二、会计计量基础不同，企业合并准则规定：同一控制下的企业合并采用账面价值计量，非同一控制下的企业合并采用公允价值计量。
第三、会计处理方法不同，《准则》规定，同一控制下企业合并采用权益结合法，非同一控制下企业合并采用购买法。
第四、会计信息披露内容不同。
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