避免病菌产生抗药性的方法有以下两种：
（1）避免单一使用同一种农药防治同一种病虫害。
这是由于轮换使用不同的药剂，增加了病虫产生抗药性的难度。在轮换使用不同的药剂时，要尽量使用不同类别的有效药剂。如多菌灵、苯来特、托布津都属于咪唑类杀菌剂，它们之间一般存在交互抗性。即病菌对其中一种杀菌剂产生了抗药性，再用其他的也同样有了抗药性。因此在这三种药间进行轮换意义不大。研究发现，有一些药剂之间存在着负交互抗性，如乙霉威对多菌灵存在着负交互抗性，即对多菌灵敏感的病菌，对乙霉威就不敏感；对多菌灵产生抗药性的病菌，改用了乙霉威，效果就很好。此外，还可以与保护性杀菌剂进行轮换。因为保护剂不容易产生抗药性，和这类药剂轮换也可以取得良好的防治效果。
（2）使用复配剂进行病虫害的防治。
这是由于大多数的复配剂都是由作用机制不同的农药组成，有的是一个专性农药和一个保护剂配成，有的是两个具有负交互抗性作用的农药混合到一起制成。病菌就难以适应它们。例如目前市售的杀毒矾、克露、瑞毒锰锌等都是根据这一原理配制而成，使用这些农药就不易产生抗药性。
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