2006~2009年,地质科学研究取得新进展。相继发现了玉门甘肃鸟、獭形狸尾兽、蜀兽科哺乳动物、龙凤山藻科、伍氏献文鱼、晚三叠世龟类、含胚胎骨骼的恐龙蛋、孔子天宇龙、模块达尔文翼龙、亚洲毛兽等具有重大研究意义的化石;初步建立了鞍山、五台、太行山等地的早前寒武纪年代格架;初步提出中国华北陆台和印度陆台晚前寒武纪重大地质事件序列和构造地层格架;开展了大型气田天然气成藏机理与富集规律研究和鄂尔多斯盆地北部地浸砂岩型铀矿时空定位和成矿机理研究;湖泊中长链烯酮不饱和度温标研究取得重要进展;编制完成了1∶500万《中国蛇绿岩带和板块缝合带图》等相关图件。另外,2006年,新发现1种FeSi新矿物,定名为罗布莎矿(Luobusaite),获得国际新矿物委员会的认定;2007年,湖北宜昌黄花场全球中/下奥陶统界线层型剖面经国际地科联批准为金钉子剖面;2008年,石炭系维宪阶和寒武系古丈阶全球界线层型剖面在我国建立。
2006~2009年,技术方法不断创新和突破。在地球物理技术方面,大深度高分辨电磁测量等关键技术取得突破,研制了高精度重力仪实验室样机,完成了三维地电模型的CSAMT正演模拟;在遥感地质技术方面,完成了单色仪调试系统、信号调试系统等矿物分析仪辅助设备的研制,建立了以华北城市地面沉降和三峡滑坡体监测为主要研究对象的干涉雷达监测城市地面沉降的实用技术体系和工作技术流程;在钻探技术方面,成功研制和开发了新型中深孔全液压顶驱式地质岩心钻机,研发了11种规格的贯通式潜孔锤、5种规格的双壁钻具、多种类型的反循环钻头,进行了1500米全液压岩心钻机深孔硬岩用高效复合片钻头野外试验;在分析测试技术方面,研制了稀土的多种矿石多个标准物质和高性价比的一体化元素形态分析仪,并建立了样品浸泡新技术,成功研制了具有自主知识产权的便携式近红外矿物分析仪。同时,地球化学预测盲矿技术也取得新突破,自主研发了适合深部找矿的多功能电法勘探仪器和基于孔底局部循环的新型节水钻探工艺、潜水泵式液动冲击器和节水钻探潜水泵等设备。