不可以。“往往”是表示程度的副词，在这里是“大多数的时候”的意思，并不是所有时候。此句意谓天空中有薄云的时候，天气大多数会是晴朗，但不一定每次都是晴朗的。把“往往”去掉的话，程度就不够了，句子的意思也发生变化，所以不能去掉。
