一是在工程所在地缴纳的个人所得税，回机构所在地后会不会重复征税；二是已缴纳的个人所得税，能不能在企业所得税前扣除。下面分别回答。
一、根据《国家税务总局关于建筑安装业跨省异地工程作业人员个人所得税征收管理问题的公告》规定，总承包企业和分承包企业通过劳务派遣公司聘用劳务人员跨省异地工作期间的工资、薪金所得个人所得税，由劳务派遣公司依法代扣代缴并向工程作业所在地税务机关申报缴纳。总承包企业、分承包企业和劳务派遣公司机构所在地税务机关不得对异地工程作业人员已纳税工资、薪金所得重复征税。
二、个人所得税在任何情况下都不能在税前扣除。原因如下：
1、个人所得税的纳税人是个人，企业只是行使扣缴义务，并没有承担税款，因此不能扣除。
2、企业如果为个人承担个人所得税款，这属于《企业所得税法》第十条 第（八）项，即属于与取得收入无关的其他支出。同样不能在税前扣除。
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