穆斯林自然哲学家们对时空、物质及运动的本质的研究都曾作出过杰出的理论贡献。在伊斯兰科学史上曾产生过众多的自然哲学的理论流派，其中知名度最高的是以伊本·西那和图西为代表的阿拉伯亚里士多德学派的理论。这一学派继承和发展了亚里士多德关于时空与运动的理论。其次是以拉齐·比鲁尼和巴格达迪为代表的反亚里士多德学派。拉齐发展了一种独立的关于时空理论的宇宙学，他还提出了一种特殊形式的原子论。比鲁尼曾对亚里士多德物理学的很多基本假设如形式质料说等提出批判，主张利用推理和对自然现象的观察与实验来认识自然物理现象。
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