国家税务总局在2009年《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》（国税发[2009]3号），计税基础是什么？

这份文件所称的所得仅指企业所得税法第三条第三款的所得，即：非居民企业取得的股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得（其他所得要财政部和国家税务总局另行发文的，目前没有）。属于这类所得，按照全额（财产转让所得除外）包含价外费用作为计税依据。
你所说的非居民企业如果是货运代理行业的话，由于代理劳务发生在境外，不涉及企业所得税的。
如果国税机关判断为常设机构要对利润征税的话，先要用收入乘以应税所得率之后再乘以25%才是要缴纳的税金。但是你说的这种情况应该是不会被征税的。应税所得率的部分可以参看国税发【2010】19号文

1、我们是货运代理企业，算是服务业代理业，也是按10%的税率？
你说的服务代理业是营业税。而文中明确的是非居民企业所得税，“对非居民企业取得来源于中国境内的股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得以及其他所得应当缴纳的企业所得税，实行源泉扣缴，以依照有关法律规定或者合同约定对非居民企业直接负有支付相关款项义务的单位或者个人为扣缴义务人。”
你们有文中所列的业务发生么？征收率不是税率~。
2、如果有文中所列项目，没有扣除全额。
3、这个要看不同国家的贸易协定，这样白皮书那样白皮书之类的，如果没有签订双边协议的，不一定能扣除。
最简单的办法是咨询自己的税管员。
或则拨打12366咨询

参见http://www.jsds.gov.cn/art/2009/2/26/art_343_4256.html