A、分子是保持物质化学性质的一种微粒，故A错误；B、分子和原子都可以直接构成物质，但是分子和原子之间无法比较大小，确切的说应该是分子比构成它的原子大，故B错误；C、在化学变化中，分子分成原子，原子不能再分，只是重新组合成新的分子，故C正确；D、原子核是由质子和中子构成的，但是并不是所有的原子中都含有中子，例如氢原子中不含有中子，故D错误．故选：C．
