首先自二战后就没有东京市这个概念了。东京的中心地域分为23个区,每个区相当于其他道府县的市,相互独立,东京都分为23区、多摩和离岛三部分。
东京地铁最开始的前身是1927年(昭和2年)成立的东京地下鉄道株式会社,和1938年成立的东京高速鉄道株式会社。1939年两公司线路联营。随后于1941年在政府干预下合并为帝都高速度交通営団,也叫营团地下铁,是国营的。战后新组成的东京都政府有意将地下铁全面收归都营。但当时的运输省认为:营团地下铁为国家出资,具有高度公共性的事业体,且为战后复兴所需,因此应予存续。直到2004年4月1日,才为了因应行政组织改革而正式公司化并改为东京地下鉄株式会社,又称东京メトロ。(经营的路线也随之改称),并以2008年之后达成完全民营化为目标。东京地铁因为来源于国有,历史悠久,所以营运线路较多,有银座线、丸ノ内线、日比谷线、东西线、南北线、千代田线、有楽町线・副都心线、半蔵门线,联通的地方铁路也较多。
都营地下铁顾名思义是归 东京都交通局 管辖的地铁,线路只有都营浅草线、都营三田线、都营大江户线、都营新宿线四条。交通局除此外还管辖一条有轨电车线路“都电荒川线”和都营巴士线路。
至于JR线路,原来的日本国有铁路因为亏损严重于80年代末私有化,分为JR东日本、JR西日本、JR北海道、JR九州、JR四国、JR东海、JR货物七家公司。东京一带都是JR东日本公司所有的,线路有山手线、中央线、总武线、常盘线、东北线、京叶线、横须贺线、东海道线。JR货物所管的是货物铁路和货站。其中最大的是大井町的货物终站。
三个系统是独立的,从各自的优惠票不能通用就能看出来。
政府直接营业的公共交通设施,地铁,电车,高速等,路线经由的下属区域自治体,要参与建设投资。因为会带来经济发展及利润。
私营的话,就是最有名的JR了,80年代由国营铁道分开成为东日本和西日本,实现私有化。
日本铁路现在都是私营了。但是规模都很大,以前也都是从国营转过来的。JR也是私营的,是由几个铁道公司一起负责的,例如东日本铁道公司,负责关东地区的JR,还有西日本铁道公司等等。就是普通电车,是市民常用的一种交通工具。
东京的行政单位是都,而不是市,相当于直辖市的概念,所以东京都运营的地铁就叫做都营地铁。另外还有私营的地铁等。再有就是新干线了。