目前，有蒙医药专业的院校主要有内蒙古民族大学和内蒙古医科大学，其中内蒙古民族大学侧重蒙药学，内蒙古医科大学侧重蒙医学。内蒙古民族大学2012获批“服务国家特需人才培养项目”蒙药学博士点，内蒙古医科大学2017年通过内蒙古自治区“按需推荐”蒙医学博士点初审，正在等待国务院学位办的进一步审批。
