骨科被评为国家临床重点专科，自治区“草原英才”创新创业团队，是国务院指定的有硕士学位授予权的骨科硕士生培养基地。第二附属医院是西部地区专业化的骨科医院，内蒙古自治区骨科研究所设在医院，骨科专业细化为创伤骨科、手足显微外科、脊柱外科、小儿骨科、颈椎外科、环骨盆科、骨肿瘤科、关节与运动外科、微创脊柱外科、康复科等10个专业。
