建议你以连锁公司名义出具证明材料，不要以分店名义，这样就不存在矛盾的问题了。
这个没有办法的，他需要提供这些资质才行的，你和他们沟通一下
营业执照和在职证明都可以按要求和名字想好，请专门的机构给你开具，哪怕拿到工商局，也是一样的
