事业单位代扣代缴个人所得税时的会计分录是借:事业支出—基本工资，贷：其他应付款—代扣代缴个人所得税；在缴纳的时候写借：其他应付款—代扣代缴个人所得税，贷：银行存款。
个人所得税是调整征税机关与自然人（居民、非居民人）之间在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。个人所得税的纳税义务人，既包括居民纳税义务人，也包括非居民纳税义务人。
居民纳税义务人负有完全纳税的义务，必须就其来源于中国境内、境外的全部所得缴纳个人所得税；而非居民纳税义务人仅就其来源于中国境内的所得，缴纳个人所得税。
借：事业支出—基本工资 等
贷：其他应付款—代扣代缴个人所得税
缴纳时
借：其他应付款—代扣代缴个人所得税
贷：银行存款
借：应付职工薪酬-基本工资
贷：其他应交税费-个人所得税
借：其他应交税费-个人所得税
贷：银行存款
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