A、选择基因型为Aa的雄性动物与基因型为aa的雌性动物杂交，如果后代中雌性全是黑色，雄性全是白色，说明A基因位于X染色体上，a位于Y染色体上，如果后代雌性全是白色，雄性全是黄色，说明A基因位于Y染色体上，A正确；
B、让两基因型均为Aa的雄性和雌性动物杂交，若后代出现了白色雄性个体（即XaYa），说明亲本雄性动物的a基因在Y染色体上，B正确；
C、让两基因型均为Aa的雄性和雌性动物杂交，亲本雄性动物的基因型为XAYa或XaYA时，后代均会出现黑色雄性个体，C错误；
D、让基因型未知的黑色雄性动物与基因型为aa的雌性动物杂交可以确定亲本雄性动物的基因型，如果后代雌雄都是黑色，说明是XAXA．如果后代雌性是黑色，雄性是白色说明是XAYa．如果后代雌性是白色，雄性是黑色说明是XaYA，故D正确．
故选：C．
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