（1）根据题意和图表分析可知：后代表现型中雌果蝇和雄果蝇中的长翅：残翅=3：1，亲本都为Aa；雌果蝇中只有红眼，而雄果蝇中有红眼和白眼，比例为1：1所以控制眼色的基因亲本雌性为XBXb．亲本中雌果蝇的基因型是AaXBXb雄果蝇AaXBY，子代红眼长翅的雌蝇中A-XB-，纯合子比例为
AA×1 3
XBXB=1 2
，所以杂合子的为1-1 6
=1 6
；纯合子与杂合子的比例为5 6
：1 6
=1：5．两对相对性状分别位于两对同源染色体上，符合自由组合定律．5 6
（2）若要研究果蝇的基因组，要测定3+XY共5条染色体上的碱基序列．基因芯片的测序原理是DNA分子杂交测序方法．
（3）灰身对黑身为显性，要确定其在常染色体上还是在X染色体上，可设计实验来确定．用黑身雌果蝇与灰身雄果蝇杂交，如果子代中雌果蝇黑身，雄果蝇全部灰身，则这对基因位于X染色体上；如果子代中雌、雄果蝇全部为灰身，则这对基因位于常染色体上；如果子代中雌、雄果蝇均既有灰身又有黑身，则这对基因位于常染色体上．
故答案为：
（1）AaXBXb 1：5 自由组合
（2）5 DNA分子杂交
（3）用黑身雌果蝇与灰身雄果蝇杂交，观察子代的表现型
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