质子号系列的发射成功率并不突出。1996年该火箭发射火星-96探测器失败，载荷在太平洋上空坠毁，其上携带有200克放射性元素钚。质子号火箭更为突出的问题是其使用的液体推进剂偏二甲肼/四氧化二氮有毒，一旦发射失败，泄漏的推进剂可能对环境造成污染。俄罗斯经常因火箭在发射后坠毁而与发射场地的所在国哈萨克斯坦进行交涉。近几年来，如果质子号发射失败，哈萨克斯坦就会禁止在拜科努尔发射这种火箭，直到问题解决为止。
