《刑事诉讼法》由全国人大制订、修正，是一部法律，规定的是公安机关、检察院、法院办理刑事案件应该履行的职责及遵守的程序；《公安机关办理刑事案件程序规定》由公安部制订，是部门规章，规定的是公安机关办理刑事案件应该遵守的程序。
刑事诉讼法是上位法，是程序法。
公安机关办理刑事案件程序规定是部门规章，效力远低于刑事诉讼法。规章规定如果和刑事诉讼法冲突的，以刑事诉讼法为准。
公安机关办理刑事案件程序是按照刑事诉讼法制定的，只是更加细化，便于操作。
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