你们缴纳的是营业税及附加，不涉及退税的问题才对。
你的意思应该是你们先自行缴纳了税金，然后总包还是按工程总价缴纳了营业税及附加，所以存在重复纳税的问题，对吧？如果是，你们只能和你们的税务局协商，将已经缴纳的税金认定后留抵以后发生的税金。实际上你们不应该这样操作，你们是分包方，营业税及附加由总包方代扣代缴，同时发票也由总包方代为开具，不用你们自己到税务局操作。
总包方代扣代缴的营业税及附加，你们公司在全额申报时，可以抵扣，按差额申报缴纳营业税及附加。
二种情况：
1＼公司下月倒闭或没有税收上缴：直接与税务局协商返还，因为它涉及到国税，最多只能退营业税
2＼正常经营，把代扣代缴凭证与对帐联订在一起放着，在下次缴税时抵扣税金，不用去税务局，有税务局对帐所自己来查，只要放好就行了，下月报税申报以差额或零申报
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