分多种情况，如果只是引起肠炎、十二直肠炎（可以理解为肚子痛）等并不会留下特别的后遗症，但有慢性消化道疾病的可能加重病情。
如果使用含有神经性毒素的菌类而中毒则有极多潜在后遗症可能，治愈时间越短，损伤越小，后遗症概率越小，反之后遗症概率增加，此类后遗症涵盖范围很广，包括心血管疾病、神经性疾病以及器官衰弱等。
如果中毒病状的本质是过敏（特征为上吐下泄，身体有明显皮疹，肚子疼痛感积聚于脐周围不延伸），那么如果没有引起严重的反应（如长时间发热、急性心肌梗死等严重的急性疾病）就不会留下后遗症，如果引发了严重的疾病，那么后遗症主要由引发的疾病导致。
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