法院有权冻结担保公司在银行的保证金账户。根据担保法解释第八十五条规定的保证金特点，担保保证金属于质押财产。该质押财产是针对担保公司所开展的全部担保业务的质押财产，其质押担保的比例是债务总额的五分之一，贷款方对保证金账户中的存款按债务总额的五分之一享有优先受偿权，法院可以视实际情况冻结保证金账户。
