有了16SrDNA的序列，构建系统发育树要怎么做啊？

现在很多软件都可以的，目前比较国际上应用较多的是ClustalX和ClustalW，网址是http://www.clustal.org/。软件既可下载又可在online server上跑。关于软件具体应用，你需要自己多读paper和相关指引学习一下，还是比较复杂的，不过在跑程序的时候一般来说用默认设置就可以了 （你可以先读读它网站上面的reference，或者在国内搜一下相关教材，这个是很通俗易懂的）。当然，你还需要找一个属外菌类的16s rDNA 做一个进化树构建的control，所以，你在做进化树之前，一定要先读相关paper，看看以前的paper是拿什么做control的。
我的建议是，16S rDNA的分类技术在菌种鉴定方面的研究比较成熟，可以省去形态鉴定。具体在细菌定种方面，如果你的实验样本不是太多（应该不会超过100个吧？），你可以拿个体序列直接去ncbi的blast上进行比对，选择近似度最高的菌种序列进行定种，不一定非要构建进化树才可以。分子进化树只是在直观上为分类工作提供辅助作用，其依据还是DNA比对结果，虽然对物种鉴定现在国际上比较流行构建进化树，但其实际作用并不大。