因为质粒在跑胶的时候会有部分的散开，有的是片段。还有的是由于质粒形态上的，比如超螺旋跑的会比较快，所以跑出四条也是正常的，但是一般别的条带都比较暗，只有一条会比较亮，那个才是质粒的所对应的碱基数。
一般有2条带，超螺旋和带nick的松弛的质粒，是因为提取时质粒被损伤了而不能形成超螺旋。你的问题还是提取手法不够精细，产生了断头，所以多了线性质粒带，还有一个应该跑得比超螺旋还快的是RNA。
可以加点RNA酶试一下。
