国务院办公厅的公文，格式应该是很规范的。我觉得用函有以下原因：
1、非同一系统内行文
2、无法确定发文机关与收文机关在级别、归属上是什么关系
函是正式公文的一种，这么使用完全没有问题。
首先国务院和福建省人民政府是不相隶属的机关，福建省人民政府的请示肯定也是以函的形式请求批准的。所以答复也用函。
函，用于不相隶属的机关之间商洽工作、询问和答复问题，向有关主管部门请求批准和答复审批事项。
2个机关是不相隶属的行政关系，公文规定不相隶属机关行文采用函和复函
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