可以办理。“查封”是法院对被执行人或被告财产进行的诉前或诉中财产保全措施，目的是防止被执行财产的交易和转移。厂房房产证办理不影响对土地使用权的查封。
按照现行法律，房子土地不分家，土地被查封了，相应的房屋也不可以发生过户或者产权转移，也不可以申请贷款，因为银行要看到房产证和土地证这两个的他项权利证后才会给符合条件的客户放款，你不符合，银行不予受理
