A、现代生物进化理论认为,生物进化的单位是种群,A正确;B、生物进化的方向是由自然选择决定的,B错误;C、新物种形成的标志是生殖隔离,C错误;D、生物进化的实质是种群基因频率的定向改变,D正确.故选:AD.