不能免征,但可以向主管税务机关申请退还。
根据《国家税务总局关于小微企业免征增值税和营业税有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第57号)第三条规定“增值税小规模纳税人月销售额不超过3万元(按季纳税9万元)的,当期因代开增值税专用发票(含货物运输业增值税专用发票)已经缴纳的税款,在专用发票全部联次追回或者按规定开具红字专用发票后,可以向主管税务机关申请退还。”所以,就代开增值税专用发票(含货物运输业增值税专用发票)的税额不能免征。
所谓小规模纳税人季度营业收入少于9万免征增值税、附加税,只是指小规模纳税人自己开具增值税普票的情形。