C1驾驶证扣9分不会影响A3领证。根据《机动车驾驶证申领和使用规定》的规定，已持有C1驾驶证，申请增加A3准驾车型的，应当在本记分周期和申请前最近一个记分周期内没有记满12分记录。也就是说，只要已持有的C1驾驶证在本记分周期和申请前最近一个记分周期内没有记满12分记录，就可以正常增驾A3 。
