应由一般纳税人自己去税务部门领取农副产品收购发票,然后根据收购金额填开后,把发票联给生产者。自己用抵扣联抵扣增值税，这与一般的商品买卖,由卖方开发票不一致。但如果是向经营者收购,就应当由经营者开具发票了。副产品收购企业可以自行开具自行抵扣。如果公司不能自行开具发票，由于末付款及其他原因末立即取得农产品收购发票，那么只能及时补开农产品收购发票抵扣增值税。具体咨询一下当地税务局。
