水稻恶苗病的防治措施：（1）种子消毒。用10%浸种灵水剂5000倍液浸种4～5天，之后冲净催芽。也可用线菌清或强氯精浸种，方法参见稻瘟病。或用25%敌力脱（丙环唑）乳油1000倍液浸种2～3天后直接催芽播种；或用25%施保克（咪唑霉、咪鲜安）乳油3000倍液浸种3天；或用辉丰克2毫升加水5～6千克，浸3～4千克稻种3天。也可用溴硝醇540倍液浸种3～4天，捞出后继续在清水中浸泡。用甲霜灵防治效果很好。
（2）加强栽培管理。处理病谷壳、病稻草以减少菌源；生长期发现病株及时拔除销毁；催芽不宜过长，拔秧避免伤根；不偏施氮肥，不施未腐熟的粪肥。
（3）药剂防治。出苗后至成株期发病，可用95%绿亨1号（恶霉灵）可溶性粉剂4000倍液喷1～2次。也可用64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液等药喷雾。
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