报到证肯定是会影响的，因为学校给你出具的派遗证就是按三方协议上面的写的，至于于人事档案，你可以让这家郑州公司写明他们没有人事代理权。这样你的人事档案就由你自己处理了，你要自己找相关有人事代理权的单位来管理你的档案。
