A公司可以正常进行股权转让，这个不受债务影响。如果是到期未清偿债务，B公司可以要求A公司偿还。也可以直接约定，将股权转让金直接打在B公司的公账上用来抵扣A公司的欠款。主要还是要A、B公司进行协商解决就可以了。
