企业所得税汇算清缴申报了两次，第一次申报没有扣款，第二次申报时，按第二次申报扣款。企业所得税已经缴纳，没有什么问题。如果不放心可以与税务官取得联系即可。
汇算清缴是指纳税人在纳税年度终了后规定时期内，依照税收法律、法规、规章及其他有关企业所得税的规定，自行计算全年应纳税所得额和应纳所得税额，根据月度或季度预缴的所得税数额，确定该年度应补或者应退税额，并填写年度企业所得税纳税申报表，向主管税务机关办理年度企业所得税纳税申报、提供税务机关要求提供的有关资料、结清全年企业所得税税款的行为。
你申报了二次，也被扣款了二次了吗？一般来说，你申报第二次的话，会将你第一次的申报作废的！
你应该去查一下银行的钱款是否也白扣除了二次，如果确实想你说的那样，与税管员联系就是，看看他是如何处理的即可，在这里没有人能替代那位税管员所作出的具体决定的。
与税管员联系解决办法
速与主管税务机关联系！
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