申报系统的月末留抵税额（20行）会自动转到下一月份的上期留抵税额（13行）的，虽然公司交多少税是系统直接算出来的，但你所填报的相关数据正确，最终的计算结果是不会错误的。你所填报的相关数据应该与你企业“应交税金-应交增值税”科目相符，系统计算出的应交税款（24行）应该与企业“应交税金-未交增值税”科目月末贷方余额一致（没有设置“应交税金-未交增值税”科目应该与“应交税金-应交增值税”科目月末贷方余额一致）；如果是进项大于销项即月末留抵，期末留抵税额（20行）应该与“应交税金-应交增值税”科目月末借方余额一致，如果不一致证明填报数据有误。如果13行的数据丢失（可能填报时未注意自己删除掉了），最终计算结果（20行、或24行）与帐上数字肯定不符，你应该检查改正，因此申报错误与你填制申报表有关。
不过多交的税款可以申请退还。依据如下：
《中华人民共和国税收征收管理法（新征管法）》
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第五十一条 纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
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《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》
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第七十八条 税务机关发现纳税人多缴税款的，应当自发现之日起10日内办理退还手续；纳税人发现多缴税款，要求退还的，税务机关应当自接到纳税人退还申请之日起30日内查实并办理退还手续。
税收征管法第五十一条规定的加算银行同期存款利息的多缴税款退税，不包括依法预缴税款形成的结算退税、出口退税和各种减免退税。
退税利息按照税务机关办理退税手续当天中国人民银行规定的活期存款利率计算。
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只要没超过三年就可以向税务机关反蚋情况提出申请要求税务机关再次认可你公司未使用的上期留抵税金，不过要及时，而且建议先电话与你公司的主管税务机关反映情况并根据要求整理出税务机关要求你提供的查关报表及帐册。
据我所知，增值税一般纳税人现在都实行的电子申报，也就是在企业端有一个电子申报软件，如果当月数据录入没有问题的话是不会出现你说的那种情况的，你最好回头仔细检查一下你的销项税额和销售收入项目，看是否你已经不存在留抵税额了。如果情况真如你所说的那样的话，就要看你企业是否因此笔进项留抵没有带出的原因是否导致了你企业多缴税款的后果，如果有你可以向税务机关提出局面申请退还多缴的税款。如果没有形成多缴税款，你就向税务机关书面说明情况，在税务机关出具调帐证明后调整相关帐目。
根据税收征管法，纳税人在三年内发现多缴税款，都可以申请税务机关退税
详细的规定你查税收征管法及实施细则吧
你公司在那？
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