我案件正在执行中，两个被执行人（借款担保人）其中一个被执行人找关系在公安局告另一个被执行人立了案。

不影响执行案件进行，依然可要求保证人承担保证责任。
法律依据：《最高人民法院民间借贷案件适用法律若干问题的规定》
第十三条 借款人或者出借人的借贷行为涉嫌犯罪，或者已经生效的判决认定构成犯罪，当事人提起民事诉讼的，民间借贷合同并不当然无效。人民法院应当根据合同法第五十二条、本规定第十四条之规定，认定民间借贷合同的效力。
　　担保人以借款人或者出借人的借贷行为涉嫌犯罪或者已经生效的判决认定构成犯罪为由，主张不承担民事责任的，人民法院应当依据民间借贷合同与担保合同的效力、当事人的过错程度，依法确定担保人的民事责任。

先转几条司法解释：

最高人民法院最高人民检察院公安部关于在审理经济纠纷案件中发现经济犯罪必须及时移送的通知
发布单位：最高人民法院/最高人民检察院/公安部
发布日期：1987年03月11日 生效日期：1987年03月11日

三、人民法院在审理经济纠纷案件中，发现经济犯罪时，一般应将经济犯罪与经济纠纷全案移送，依照刑事诉讼法第五十三条和第五十四条的规定办理。如果经济纠纷与经济犯罪必须分案审理的，或者是经济纠纷案经审结后又发现有经济犯罪的，可只移送经济犯罪部分。
　　对于经公安、检察机关侦查，犯罪事实搞清楚后，仍需分案审理的，经济纠纷部分应退回人民法院继续审理。

最高人民法院又于1998年4月21日颁布了《关于在审理经济纠纷案件中涉及经济犯罪嫌疑若干问题的规定》，确立了以下原则：

第十二条：人民法院已立案审理的经济纠纷案件，公安机关或检察机关认为有经济犯罪嫌疑，并说明理由附有关材料函告受理该案的人民法院的，有关人民法院应当认真审查。经过审查，认为确有经济犯罪嫌疑的，应当将案件移送公安机关或检察机关，并书面通知当事人，退还案件受理费；如认为确属经济纠纷案件的，应当依法继续审理，并将结果函告有关公安机关或检察机关。

从你的叙述看，甲被执行人也就是担保人企图通过控告乙被执行人（也是担保人）经济诈骗，来转移还款责任---如果公安局立案，甲认为自己就会免除担保人的还款义务。如果无法抓捕乙或者乙没有偿还能力， 你的款项追讨就遥遥无期了。

从司法解释看，确实有先刑后民之说。但是根据解释：“经济纠纷案经审结后又发现有经济犯罪的，可只移送经济犯罪部分”，你的经济案件是法院生效判决，即便公安局立案，经济纠纷部分也不移送，应该继续执行生效判决。因为该判决已经审查过担保人的民事主体、民事行为的意思表示是否真实，也就是说，甲肯定在庭审过程中提出过所谓的“被骗担保”，但是已经被法院否决了。应该继续执行原判决，让甲承担担保责任。甲付完款后，获得追偿权。但是所谓“被骗担保”是很难举证的-----又不是小孩，白纸黑字是甲自己签的，担保是什么意思不懂么？所以，甲逃避不掉担保义务的。

即使在公安立了案也脱不了担保责任，刑 事和民事是另一个程序。法院不执行是没有法律依据的，因为担保人承担了担保责任後对被执行人有追偿权。