名侦探柯南中赤井秀一和灰原哀共同出现的集数有：
1. 第490-491集：赤井秀一登场篇。
2. 第505-506集：赤井秀一的逆推推理。
3. 第517-518集：赤井秀一的消失。
4. 第521-522集：灰原哀登场篇。
5. 第620-621集：赤井秀一的逆境。
6. 第629-630集：赤井秀一的来访。
7. 第698-699集：赤井秀一的真相。
8. 第779-783集：赤井秀一的秘密。
9. 第881-882集：赤井秀一的来信。
希望以上信息对您有帮助。
509 红白黄色与侦探团
542 鱼儿消失的一角岩（前篇）
543 鱼儿消失的一角岩（后篇）
684 泡沫、蒸汽和烟（前篇）
685 泡沫、蒸汽和烟（后篇）
702 漆黑的特快列车（隧道）
703 漆黑的特快列车（交叉）
704 漆黑的特快列车（终点）
723 香甜冰冷的快递（后篇）
大概就是这几集了
名侦探柯南的神秘列车篇
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